В современной Эстонии историю Тартуского университета принято отсчитывать от основанной шведским королём Густавом II Адольфом в 1632 году Academia Gustaviana (с 1690 года – Academia Gustaviana Carolina). Однако академия сия во время Северной войны в 1710 году перебралась в Пернау (ныне Пярну), а после присоединения Лифляндии к России и вовсе полностью прекратила свою работу в связи с бегством преподавательского состава в Швецию.
Новое высшее учебное заведение в Прибалтийском (Остзейском) крае первоначально хотели открыть в Митаве (ныне латвийская Елгава) – бывшей столице некогда формально независимого Курляндского герцогства, в 1795 году присоединённого к России, однако в пользу Дерпта сыграл целый ряд факторов. «Дерпт находится в середине трёх губерний — Лифляндской, Курляндской и Эстляндской; положение своё имеет на сухом месте, между тем как Митава окружена болотами. Дерпт употребляет российскую монету и ассигнации и сверх того превосходит дешевизной съестных припасов», – отметила в своём докладе комиссия по созданию будущего университета.
3 мая (21 апреля по юлианскому календарю) в Дерпте (ныне Тарту) состоялось торжественное открытие Императорского университета, от которого ведёт свою историю нынешняя кузница эстонской интеллектуальной элиты. Занятия в новом университете начались 1 (13) мая 1802. 12 (24) декабря 1802 года русский царь Александр I подписал «Акт постановления для Императорского университета в Дерпте», а 12 (24) сентября 1803 года утвердил его устав.
Первоначально Императорский Дерптский университет имел 4 факультета: философский, медицинской, юридический и богословский. В 1850 году философский факультет был разделён на историко-философский и физико-математический. В университет, по держании «искуса», принимались люди всякого звания и состояния, как русские подданные, так и иностранцы.
Согласно уставу, ректор университета имел «свою внутреннюю расправу и полное начальство над всеми членами своими, подчинёнными, равно над их семьями», ведал также все дела, «до сих лиц касающиеся», разбирал долговые претензии и производил первоначальное расследование по уголовным делам. Апеллировать на приговор университетского суда можно было только к правительствующему Сенату. Университет «имел собственную цензуру для своих сочинений» и право выписывать из-за границы необходимые учебные материалы.
Ректора выбирала из своей среды университетская корпорация, состоящая из профессоров, во главе которой был совет, подчинённый непосредственно министру народного просвещения империи. Само собой, возникли и студенческие корпорации: первой, в 1808 году, – «Curonia», затем появились «Estonia», «Livonia» и «Fraternitas Rigensis». Пожертвовавшим на нужды университета лифляндским дворянам было предоставлено право участвовать в управлении его хозяйственными делами.
В 1804 году по проекту архитектора Иоганна Вильгельма Краузе на месте бывшей Мариинской церкви началось строительство главного корпуса университета, завершившееся в 1809 году. Величественное классическое здание и по сей день является главной достопримечательностью Тарту.
С Дерптским университетом связаны имена таких выдающихся людей, как основатель эмбриологии, натуралист и географ Карл Эрнст фон Бэр, хирург Николай Пирогов, автор «Толковаго словаря живаго великорускаго языка” Владимир Даль и многих других.
В 1893 году Дерпту было возвращено его древнее русское название – Юрьев, в связи с чем Императорский Дерптский университет был переименован в Императорский Юрьевский университет.
В 1918 году ввиду наступления на Юрьев германских войск часть преподавателей и студентов университета были эвакуированы в Воронеж, где позже на основе бывшего Императорского Юрьевского университета был создан Воронежский государственный университет.
После ухода немцев в условиях новосозданной независимой Эстонской Республики университет был переименован в Тартуский и в 1919 году продолжил свою работу уже на эстонском языке. С этого времени начинается уже его новая, совсем другая, история.